بیشترین کاربرد فسیل ها در تعیین سن طبقات وبنابراین در بیواستیگرافی است. بدیهی است که تمامی فسیل ها قادر به تعیین سن نسبی دقیق نبوده وبرخی از آنها در تمام ادوار زمین شناسی وجود داشته اند، بطور کلی از این منظر می توان اقسام فسیل ها را به شرح زیر خلاصه نمود:

1)   فسیل های شاخص (index fossils) : که دارای گسترش جغرافیایی وسیع بوده ولی در زمان کوتاه زمین شناسی می زیستند.مانند فسیل آمونیت توریلیتس که منحصراً در کرتاسه میانی وجود داشته است.

2)   فسیلهای غیر شاخص (Non index fossils) :که تقریباً‌در تمام دوره ها یا دوران های زمین شناسی وجود داشته اند. نظیر دو کفه ایها، شکم پایان ومرجان ها وغیره

3)   فسیل های رخساره (Faies fossils) : فسیل های هستند که ارزش پالئوژئوگرافی آنها بیش از اهمیت بیو استراتیگرافی آنهاست. این فسیل ها می توانند معرف وضعیت جغرافیایی زمان زیست خود از نظر آب وهوا  و سایر شرایط محیط زیستی باشند. مثلاً فسیل کلنی های مرجانی حاکی از محیط ساحلی دریا وآب وهوایی استوایی تا نیمه استوائی است.